Com o enfraquecimento do Espiritismo na Europa e o desaparecimento dos principais periódicos espíritas de língua espanhola, pois antes a Espanha fornecia normalmente revistas, livros e material doutrinário para as instituições e comunidades espíritas da América Latina, um grupo de
líderes espíritas argentinos, preocupados com a organização do movimento espírita no Continente Americano, propôs, em 1939, durante o III Congresso Interno da Confederação Espírita Argentina, a criação de uma instituição representativa dos espíritas desse continente, inicialmente denominada de Liga Espiritista Pan-americana.
A deliberação começa a se concretizar, quando em 1940, os argentinos Hugo Nale, Humberto Mariotti e Naum Kreiman passaram a liderar um projeto, com aval da diretoria da Confederação Espírita Argentina. O projeto previa que a fundação da nova entidade representativa seria discutida e executada durante o I Congresso Espírita Pan-americano, que seria realizado em 1943. Essa proposta sugeriu a adoção do nome Federação Espírita das Américas e da sigla FEDA para a nova instituição.
No entanto, devido aos problemas ocasionados pelo decorrer dos conflitos da Segunda Guerra Mundial, a realização do I Congresso Espírita Pan-americano foi sendo continuamente adiada. Somente em 1946, após o fim da guerra, foi possível realizar o tão esperado congresso, durante os dias 5 a 13 de outubro, em Buenos Aires, na Argentina, ocasião que contou com a participação de delegados de diversos países latino-americanos.
Nesse congresso, finalmente, o sonho dos espíritas americanos é concretizado com a fundação da primeira entidade espírita de caráter internacional das Américas, que diferentemente das propostas anteriores, recebeu nome de Confederação Espírita Pan-americana, sendo adotada a sigla CEPA. O Congresso tomou ainda a decisão de adotar a cepa da videira como símbolo da CEPA, a mesma utilizada por Kardec para identificar o espiritismo. Ainda nesse Congresso foi eleito o primeiro presidente da CEPA, o engenheiro argentino José Salvador Fernández.
Adotando em seu estatuto um programa de integração do Espiritismo Latino-americano, dentro de um programa mínimo de objetivos comuns, a CEPA iniciou sua marcha rumo ao progresso das ideias espíritas, através da realização de congressos e conferências periódicas em diversos países do continente. Desde sua fundação, a CEPA promoveu a realização de 22 congressos e 15 conferências regionais.
Em 2016, setenta anos após sua fundação, atendendo aos insistentes clamores, principalmente da comunidade espírita da Europa, identificada com o caráter laico e livre-pensador da Doutrina Espírita, a CEPA modificou seus estatutos, transformando-se na CEPA-Associação Espírita Internacional, sendo mantida a sigla original.